任務難度：lv.0
任務簡介：清理拿著為了村子為借口來隱藏心中貪念的黑暗之根。摧毀根部，拯救被當做實驗品的人。完成度越高，任務獎勵越高。
任務信息：根組織比暗部隱藏得更深，所做的事也更加見不得光。他們以“寧錯殺，不放過”的姿態鏟除村內外一切威脅。
任務期限：主線任務完成之前。
任務獎勵：隨機。
注：任務已完成，完成度80%。任務獎勵將于結算時一同下發。
……
當木葉暗部開始對團藏的勢力進行徹查時，這個來自大和的主線任務就已經完成。任務的完成度是80%，這也在林久的意料之中。
根部本來就是在暗部的基礎之中發展出來的，不少根部忍者都有著暗部身份，所以再怎么清查，都不可能將根部忍者清理干凈。
木葉有能力調查出這些人的身份，但也不會去揭穿。這無疑是在削弱自身的實力，所以這里的徹查實際上是將參與到團藏實驗中的根部忍者清理。
而這些根部忍者失去了團藏的領導，跟暗部忍者沒什么區別。林久也無法再進一步，那樣就是向木葉全面開戰了。
根部的徹查清理行動持續了一天多的時間。而木葉陣營的不少契約者通過自己的途徑參入到其中，得到了一些好處。讓他們對曉組織的來襲，加分許多。
至于木葉在這次事件重受損不少，這跟他們有半毛錢關系。
在木葉針對根部行動時，曉組織的空中堡壘一直停留在外，林久等人都沒有離去。
猿飛日斬已經在準備引咎辭職的事，并且開始為波風水門造勢。而木葉村外的曉組織空中堡壘仿佛就是壓在他們頭上的一朵陰云，不免擔憂。
波風水門主動提出要來和曉組織的人商談，他看出曉組織的人既不對木葉有什么行動，但又不離開，除了關注根部的處理情況之外，必然還有其他事。
木葉高層，以及那些家族的族長都同意波風水門的毛遂自薦。若是能輕松談判解決曉組織問題，波風水門擔任四代火影的事是沒跑了。